През годините геномната технология се е доказала като мощен инструмент в областта на генетичния напредък. Тя предостави на млекопроизводителите възможности за по-голям генетичен напредък чрез използване на млади бикове с по-високи генетични нива. В допълнение към извличането на геномни РТА, изследването продължава да описва и обяснява функцията на специфични гени или хромозомни сегменти, наричани още хаплотипове. Чрез по-доброто разбиране как функционират хаплотипите, има по-голяма възможност да се използва тази информация в решенията за размножаване. Вече са идентифицирани 13 хаплотипа, които влияят на фертилитета, когато тези хаплотипове се срещат в хомозиготно състояние. С други думи, когато специфична ДНК последователност е наследена от двамата родители.
Терминът „хаплотип“ се отнася до група от алели, които се намират в близки позиции на хромозомата, които обикновено са унаследяват заедно.
Модерни геномни инструменти се използват за идентифициране на хиляди хаплотипове на всяка хромозома. Всяка има положителна, неутрална или отрицателна връзка с продуктивността, конформацията, здравето и плодородието на животните. Много е важно да се разберат хаплотиповете и техните комбинации за да се избегнат негативните ефекти.
При Холщайн са открити пет хаплотипа, които оказват неблагоприятно въздействие върху плодородието. Те са известни като HH0, HH1, HH2, HH3, HH4 и HH5. При породата Джерсей има хаплотипи 1 и 2 (JH1, JH2), Швейцарско кафяво имат BH1 и BH2, а Айршир имат AH1 и AH2. Животните, които са тествани са означени като носители (С) или тествани не-носители (Т). Причините, поради които хаплотиповете оказват влияние върху плодовитостта, не са напълно известни, но се смята, че унаследяването на един същ хаплотип от всеки родител води до неуспешна заплодяемост или ранна ембрионална смърт.
Въздействието на тези хаплотипове върху плодовитостта варира и техните ефекти зависят от честотата, в която те се появяват в рамките на всяка порода. Таблица 1, по-долу, изброява всеки хаплотип, хромозомата, на която се среща, и осигурява честотата на възникване в генотипната популация.
За да се разработи по-нататък, всеки хаплотип представлява отделно генетично състояние; те не са свързани помежду си. Например, хаплотиповете нямат въздействие, когато бик, който е хетерозиготен за HH1, е свързан с крава, която е хетерозиготна за HH2. Рискът се появява само когато животните са хетерозиготни за същия хаплотип.
Използването на сперма от бикове с неподходящи хаплотипове обикновено води до около 3% по-ниска заплодяемост.
При вземане на решения за развъждане и изготвяне на плановете за съешаване е желателно да се избегне чифтосването на носители на вредни хаплотипове. Независимо от това, да не се използват например бици носещи тези хаплотипове, не е непременно практично. На първо място, много други нежелани хаплотипове вероятно ще бъдат намерени в бъдеще. На второ място, тези бици могат да носят други ценни икономически характеристики. Следователно, развъдчиците не трябва непременно да избягват бикове с тези хаплотипове, и да не бракуват крави, юници и телета, които са носители. По-добре е да управлявате размножителния процес, като избягвате чифтосване на известни носители.
Генетиците на млекодайни говеда препоръчват да се избягват рецесивни дефекти, като се използват солидни научни постижения и програми за чифтосване. В днешно време всеки фермер може да има в ръцете си инструмент, които се нарича геномно тестиране. Използвайки този инструмент информацията може надеждно да спомогне да се управлява целият този процес.
